II wojna światowa przyniosła mieszkańcom Kalisza, podobnie jak całemu narodowi polskiemu, ogrom cierpienia i dotkliwe straty. To prawda, że działania wojenne oszczędziły miasto i że trud dwudziestoletniej odbudowy nie legł w gruzach. Niewielkie to wszakże pocieszenie wobec zagłady dziesiątków tysięcy obywateli Kalisza, w tym całej prawie ludności pochodzenia żydowskiego. Przeogromne straty poniosła kultura miasta, a zasypywanie książkami kanału rzeki urosło do rangi najwyższego symbolu barbarzyństwa. Kalisz został wcielony do Rzeszy, zmieniono nazwy ulic, usunięto pomniki, zakazano używania języka polskiego w urzędach; narzędziem terroru były masowe egzekucje w okolicznych lasach, prześladowania, wywozy na przymusowe roboty w głąb Niemiec. Odpowiedzią społeczeństwa polskiego stał się ruch oporu, zorganizowany od pierwszych dni okupacji w kilku ugrupowaniach o rozmaitym nastawieniu politycznym. Kres długiej okupacyjnej nocy położyło wyzwolenie, które w styczniowej ofensywie przyniosły oddziały Armii Czerwonej.

     1939 - 3 września opuściły, Kalisz ostatnie oddziały 25 Kaliskiej Dywizji Piechoty, wysadzając mosty na Bernardynce i Swędrni.
     - 4 września rano wojska niemieckie wkroczyły do Kalisza.
     - 13 października aresztowano i osadzono w kaliskim więzieniu prezydenta Kalisza wraz z żoną. Po miesięcznym pobycie w celi został z niej wyprowadzony, dalsze jego losy nie są znane.
     - 18 października na pl. św. Józefa rozstrzelano proboszcza parafii Chocz księdza Romana Pawłowskiego. Pretekstem do aresztowania i stracenia go była znaleziona podczas rewizji, podrzucona amunicja.
     - 30 października stracono i pochowano na nowym cmentarzu żydowskim przy ul. Podmiejskiej 11 Polaków.
     - 1 listopada hitlerowskie wojskowe władze okupacyjne przekazały miasto administracji cywilnej. Kalisz został wcielony do Rzeszy, zmieniono nazwy ulic, usunięto pomniki, zakazano używania języka polskiego w urzędach. Z miasta wysiedlono w czasie okupacji około 30 tys. ludzi, a na przymusowe roboty do Niemiec wywieziono 3 723 obywateli. Przed wejściem do parku miejskiego umieszczono napis: “Polakom i psom wstęp wzbroniony”.
     - W listopadzie władze hitlerowskie zorganizowały getto dla ludności żydowskiej, istniejące do końca 1940 r., to jest do momentu wywiezienia Żydów do getta łódzkiego i Chełmna nad Nerem. Getto położone było między ulicami - Targową, POW (Dzierżyńskiego), Chopina i Wodną.
     - Od listopada rozpoczęły się masowe egzekucje na terenie cmentarza żydowskiego przy ul. Podmiejskiej.
     - Rozpoczęto edycję pisma urzędowego niemieckiej landratury w Kaliszu “Kreisblatt des Kreises Kalisch”. Pismo wychodziło do 1943 r.
     - W grudniu zaczęto masowe wysiedlenia Polaków i Żydów z Kalisza. Na ich miejsce sprowadzono Niemców bałtyckich, a później wołyńskich.
     - 22 grudnia w lesie pod Winiarami rozstrzelano i pochowano w czterech zbiorowych mogiłach około 700 Polaków przywiezionych z więzień w Kaliszu i Ostrowie Wlkp. Był to początek masowych egzekucji w lesie winiarskim, w którym do lutego 1940 r. rozstrzelano około 1 100 osób. Na miejscu jednej z egzekucji odsłonięto w 1960 r. skromny pomnik.
     - W końcu roku powstała pierwsza w Kaliszu organizacja podziemna Narodowa Organizacja Wojskowa; jej komendantem na terenie miasta był Tadeusz Kusiński.

     1940 - W początkach tego roku powstała Organizacja Jedności Narodowej. Jej komendantem został Strzelczyk, ps. “Kazik”. Organizacja wydawała nielegalne pisma, początkowo “Jedność Narodową”, później “Armię Narodową”. Ich redaktorem był prawdopodobnie o. Julian Mirochna, franciszkanin, a drukowane były na terenie klasztoru Franciszkanów i ukazywały się 2 - 3 razy w tygodniu.
     - W Kaliszu powstał inspektorat Związku Walki Zbrojnej, kierujący działalnością organizacji w powiatach kaliskim, konińskim, kolskim i tureckim. Jego pierwszym komendantem był Emil Stark, ps. “Mocny”.
     - W dożynkach zorganizowanych przez władze niemieckie wziął udział gauleiter Kraju Warty, Artur Greiser.
     - Kalisz liczył 56 670 mieszkańców, w tym 50 447 Polaków, 4 601 Niemców, 495 Żydów i 1 127 osób innych narodowości.

     1941 - W lutym i marcu kaliska Organizacja Jedności Narodowej została zdekonspirowana, a aresztowania trwały do końca tego roku. Zatrzymano 85 osób, z których 65 zesłano do obozów koncentracyjnych.
     - 2 maja wywieziono do Oświęcimia transport więźniów aresztowanych w Kaliszu i okolicy. Spośród 204 więźniów tylko 34 doczekało się wyzwolenia.
     - Na podstawie wyroków Sądu Specjalnego w Kaliszu (Sondergericht), podczas zbiorowych egzekucji 7 czerwca w Wolicy oraz 23 sierpnia w Kościelnej Wsi, hitlerowcy stracili 44 więźniów z kaliskiego więzienia. Zbiorowymi egzekucjami kierował osobiście Heinrich Nolte, zastępca szefa Gestapo w Kaliszu, osądzony i skazany na śmierć w 1946 r.
     - We wrześniu Gestapo aresztowało 32 działaczy kaliskiego inspektoratu ZWZ.
     - Trwała likwidacja starego cmentarza żydowskiego przy ul. Nowy Świat.

     1942 - W lipcu zorganizowano w Kaliszu kuratorium wojenne, ujmując w ramy organizacyjne system tajnego nauczania. Przypuszcza się, że tajnym nauczaniem objęto w Kaliszu i powiecie kaliskim 500 - 700 uczniów dla których zajęcia prowadziło 21 nauczycieli. Program szkoły średniej wykładało 6 profesorów gimnazjalnych i kilku studentów, prowadzących zajęcia dla ok. 50 uczniów.
     - W listopadzie rozpoczął działalność Gaukinderheim - ośrodek germanizacyjny, przeznaczony dla dzieci polskich. Przeniesiony wraz z personelem z Bruczkowa (Bruckau), umieszczony został w klasztorze poreformackim. Przebywało w nim jednorazowo od 60 do 70 polskich dzieci.
     - Hitlerowcy zniszczyli większość zbiorów Muzeum Ziemi Kaliskiej mieszczącego się do tej pory w salach ratusza.
     - Okupant hitlerowski rozpoczął zasypywanie odnogi rzeki Prosny wzdłuż ul. Babina. Poza gruzem, ziemią i śmieciami wrzucono do kanału kilkadziesiąt tysięcy książek z polskich i żydowskich bibliotek publicznych.

1943 - W sierpniu zorganizowała się grupa działaczy Polskiej Partii Robotniczej. Grupa ta była czynna zarówno w czasie okupacji, jak i po wyzwoleniu miasta.
     - W kaliskim Gaukinderheimie zamordowany został chłopiec przywieziony tu z Poznania, Zygmunt Światłowski.
     1945 - 19 stycznia w lesie skarszewskim rozstrzelano grupę 56 członków Armii Krajowej z Kalisza.
     - W chwili wyzwolenia Kalisz liczył 42 926 mieszkańców, w tym 100 Żydów.